在人们不断的抗议和争议中，年轻的地球神创论者在肯塔基州乡村建造了一艘价值1.2亿美元的“真人大小”诺亚方舟，其目的是为了证明圣经在科学和历史上都是准确的。《我们相信恐龙》是通过三个肯塔基亚人的眼睛，从设计图到开放日，一直跟随方舟的建造的：道格，一个天才的艺术家，他为方舟创造了栩栩如生的动物；丹，一个地质学家，一个热情洋溢的支持科学的活动家，他揭发了方舟歧视性的雇佣行为；大卫，一个年轻的前创造论者。在四年的拍摄过程中，《我们相信恐龙》跟随方舟从蓝图到开放到结束，讲述了美国科学与宗教之间令人不安的关系。