故事中看似死亡森林的腐海及居住在腐海中的巨大昆虫以及群虫之王“王虫”皆是为了使污染的大地复元而生。而主角娜乌西卡从小生长的地方“风之谷”则象征着人与自然共生共荣的处女大地。

人类文明因为战争“火之七日”而崩毁的千年之后，荒芜的大地被放出有毒瘴气的菌类森林“腐海”所覆盖，那里居住着巨大昆虫，是一座死寂的森林。

某夜，运输着自培吉特市挖出的巨神兵的多尔梅吉亚大型运输船坠落在风之谷，翌日，风之谷遭到欲取回巨神兵的多尔梅吉亚军占领，族长基尔被杀。

司令官库夏娜，带着人质娜乌西卡，在前往培吉特市的路上，遭到阿斯贝尔驾史的炮艇袭击。

趁机逃出的娜乌西卡，为了救阿斯贝尔而深入腐海，郄意外地发现了腐海底下竟充满着干净的水、土和空气。于是两人明白了“腐海”的秘密，是为了使污染的大地复元而存在，而虫群则是为了保护腐海而生的。

另一方面，培吉特市民为了抢回巨神兵，将虫群引至风之谷。得知此消息的娜乌西卡被关入帆艇中，但后来得到阿斯贝尔等人的帮助而逃脱，同时帆船郄遭到冬尔梅吉亚军的攻击。